Amber11 GPUベンチマーク

分子動力学ソフトウェアであるAMBERで行えるシミュレーションのうち、 陽溶媒および陰溶媒シミュレーションはCUDA化によりGPUを利用したシミュレーションを可能にしています。 今回の検証では、AMBER付属のベンチマークデータをCPU（最大8core並列）で実行した場合と、GPU(TeslaC2050)で実行した場合を比較しました。
ベンチマークデータはAmber付属の、JAC、Myoglobinの2種類を使用し、 JACは2種類のシミュレーション方法を利用して、合計3種類を測定しています。

Amber11がご利用いただけるMD計算用計算機 MD5600R を販売しております。
Amberのほか、GromacsやVMD（可視化ソフト）をプリインストールしており、GPUでの高速MD計算に
ご利用いただけます。 詳しくは こちらから。